Pada Bulan September 2015 kedua kota IHK di Provinsi Papua tercatat mengalami perubahan angka indeks yang sama yaitu sama-sama mengalami inflasi. Kota Jayapura mengalami inflasi 0,35 persen dengan Indeks Harga Konsumen (IHK) 121,71 dan Merauke mengalami inflasi 1,33 persen dengan IHK sebesar 123,20.
Dari 82 kota IHK tercatat 46 kota mengalami inflasi (termasuk Kota Jayapura dan Merauke) dan 36 kota mengalami deflasi. Inflasi tertinggi terjadi di Merauke sebesar 1,33 persen dan inflasi terendah terjadi di DKI Jakarta sebesar 0,01 persen. Deflasi terbesar terjadi di Sibolga yaitu sebesar -1,85 persen dan deflasi terkecil terjadi di bandung sebesar -0,01 persen. Kota Jayapura menempati urutan ke-17 di tingkat nasional dan urutan ke-10 di tingkat Sumapua (Sulawesi, Maluku dan Papua). Sedangkan Merauke menempati urutan pertama baik di tingkat nasional maupun di tingkat Sumapua.
Laju inflasi bulanan di Kota Jayapura sebesar 0,35 persen, lebih tinggi dari inflasi nasional sebesar -0,05 persen. Sedangkan inflasi bulanan Merauke sebesar 1,33 persen, lebih tinggi dari inflasi nasional. Laju inflasi tahun kalender (Januari – September) Kota Jayapura sebesar 1,26 persen, lebih rendah dibanding laju inflasi bulanan nasional sebesar 2,24 persen. Sedangkan inflasi tahun kalender Merauke sebesar -0,56 persen, lebih rendah dari inflasi tahun kalender nasional. Laju inflasi year on year (September 2015 terhadap September 2014) Kota Jayapura sebesar 7,63 persen, lebih tinggi dibanding dengan laju inflasi year on year nasional sebesar 6,83 persen. Sedangkan inflasi year on year Merauke sebesar 5,49 persen, lebih rendah dari inflasi year on year nasional.
Inflasi di Kota Jayapura pada September 2015 terjadi karena adanya kenaikan harga barang dan jasa yang ditunjukkan oleh kenaikan indeks pada kelompok pengeluaran: kelompok bahan makanan 1,55 persen; kelompok pendidikan, rekreasi dan olahraga 0,47 persen; kelompok makanan jadi, minuman, rokok dan tembakau dan kelompok perumahan, air, listrik, gas dan bahan bakar masing-masing sebesar 0,05 persen; dan kelompok kesehatan 0,02 persen. Sedangkan penurunan harga barang dan jasa ditunjukkan oleh penurunan indeks pada kelompok transportasi, komunikasi dan jasa keuangan -0,45 persen dan kelompok sandang -0,05 persen. Inflasi di Merauke pada September 2015 terjadi karena adanya kenaikan harga barang dan jasa yang ditunjukkan oleh kenaikan indeks pada kelompok pengeluaran: kelompok pendidikan, rekreasi dan olah raga 5,01 persen; kelompok bahan makanan 3,66 persen; kelompok kesehatan 0,89 persen; kelompok makanan jadi, minuman, rokok dan tembakau 0,82 persen dan kelompok sandang 0,20 persen. Sedangkan kelompok pengeluaran yang mengalami penurunan angka indeks adalah: kelompok transportasi, komunikasi dan jasa keuangan masing-masing sebesar -2,21 persen dan kelompok perumahan, air, listrik, gas dan bahan bakar -0,09 persen.